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中國科學院生物物理所云講座“RIC-seq for global in situ profiling of RNA–RNA spatial interactions”

發布時間:2020年04月30日

  2020年4月27日,由中國科學院生物物理研究所發起的第一期云講座成功舉辦。云講座邀請到了核酸生物學院重點實驗室的薛愿超研究員,報告題目為“RIC-seq for global in situ profiling of RNA–RNA spatial interactions”,所內外約200人在線聽取了報告。這期云講座也開啟了疫情期間所內視頻學術會議的序幕。

  在本次報告中,薛愿超研究員介紹了RNA結構以及作用靶標鑒定在理解非編碼RNA功能機制中的重要性,回顧了現有RNA結構和靶標的高通量檢測方法,并指出了這些方法的主要缺陷。針對這些缺陷,薛愿超課題組開發了一種名為RIC-seq的新技術,該技術能夠在保持細胞完整的前提下一次性捕獲所有直接的RNA-RNA配對或者由蛋白質介導的間接RNA-RNA近距離相互作用。根據這些空間相互作用數據,不僅可以重構RNA的高級結構,而且可以全景式的鑒定非編碼RNA的作用靶標。

  在評估完RIC-seq新技術的可重復性、分辨率和隨機連接概率后,薛愿超研究員進一步介紹了RIC-seq技術在捕獲多種類型非編碼RNA的二級結構和作用靶標上的準確度和靈敏度。此外,RIC-seq技術的獨特之處在于可以準確的鑒定RNA的三級結構和空間相互作用。當然,該新技術也揭示了一系列RNA的原位空間作用規律和新特征。

  在應用方面,薛愿超研究員介紹利用RIC-seq數據可以準確地解析增強子-啟動子的對應調控關系,并可刻畫全基因組范圍內的增強子-啟動子調控網絡。針對其中一個增強子非編碼RNA CCAT1-5L,薛愿超研究員深入探討了CCAT1-5L結合hnRNPK蛋白,借助與MYC基因啟動子及增強子RNA(即PVT1)之間的相互作用,調控染色質結構進而激活MYC基因轉錄的詳細分子機制。

  最后,薛愿超研究員總結道RIC-seq數據既能夠檢測RNA的高級結構,也能夠用于準確鑒定各種非編碼RNA的作用靶標,期望能夠促進非編碼RNA結構及功能相關研究領域的發展。

  薛愿超研究員的報告內容豐富生動,邏輯思維嚴謹清晰,給大家留下了深刻的印象。報告結束后,大家就各自感興趣的問題踴躍提問,薛愿超研究員耐心地一一作答。最后,我們了解到RIC-seq技術的研究工作即將正式發表,在此熱烈祝賀,并感謝薛老師帶來的精彩報告!

 

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